Localizado en las coordenadas de 8 grados, 52 minutos de latitud norte y 79 grados, 40 minutos de longitud oeste, el Complejo Pesquero de Vacamonte está ubicado en la península del mismo nombre, a escasos 20 kilómetros de la ciudad de Panamá, en el distrito de Arraiján (litoral pacífico).